在勇者鬥惡龍3重制版中，六顆寶珠分別分布在以下地點：辛巴克來村的山洞、朗錫爾小村的神殿、海賊小屋旁的密道、提頓村、商人小鎮以及諾亞尼爾村西邊的山洞。要完全收集這些寶珠，玩家需要先完成一些前置任務或進行特定戰鬥。

1.紫寶珠：

前往辛巴克來村旁邊的山洞，擊敗八岐大蛇後可以獲得紫寶珠。

2.藍寶珠：

從巴哈拉塔鎮出發，乘船前往南方的朗錫爾小村。在村子裏的神殿深處，打開寶箱後獲得藍寶珠。

3.紅寶珠：

前往阿裏阿罕城東邊的海賊小屋旁，找到一塊石頭並翻開，進入密道後，你將能夠在地下室中找到紅寶珠。

4.綠寶珠：

在夜晚時，前往提頓村，與囚犯交談，完成對話後可以獲得綠寶珠。

5.黃寶珠：

從波爾特加城出發，航行到西方一座小鎮。在完成商人的劇情任務後，在商人宅邸的座椅下可以獲得黃寶珠。

6.夢之紅寶珠：

前往諾亞尼爾村西邊的山洞，在那裏你將找到最後一顆夢之紅寶珠。